Ученые связывают геномику биоразнообразия с музейной мудростью через новую общедоступную базу данных: база метаданных геномных обсерваторий поможет ученым, стремящимся изучить влияние глобальных проблем на жизнь на Земле.

Ресурс, получивший название База метаданных геномных обсерваторий (GeOMe), был разработан исследователями Смитсоновского национального музея естественной истории и восьми других музеев и исследовательских институтов. Он связывает общедоступные генетические данные с записями о том, где и когда были собраны образцы, обеспечивая контекстную информацию, которая до сих пор отсутствовала в широко распространенных базах данных.

Такая информация имеет решающее значение для сравнения биоразнообразия в разных местах по всему миру и отслеживания его во времени. Но, несмотря на призывы к большему обмену данными в исследовательском сообществе, исследователям до сих пор не хватало инструментов, чтобы сделать эту информацию легкодоступной.Разработчики базы данных, описанной 3 августа в журнале PLOS Biology, заявили, что стандартизация и сохранение этих метаданных значительно повысит ценность данных генетических последовательностей, которые исследователи уже собирают. С помощью GeOMe исследователи смогут находить и получать доступ к генетическим данным, собранным в определенное время и в любой точке мира, что позволит им задавать важные вопросы о структуре и устойчивости жизни на планете.

Например, они могли бы исследовать, как менялись обитатели определенной высоты во всем мире по мере изменения климата планеты.«Отслеживание биоразнообразия посредством глобальных изменений — это совместные усилия», — сказал Кристофер Мейер, зоолог-исследователь из Национального музея естественной истории, который помог руководить разработкой GeOMe. «Мы не можем сделать это в одиночку. GeOMe будет способствовать развитию больших данных и открытий в будущем, позволяя сумме научных усилий намного превосходить отдельные исследовательские продукты».

Ученые, которые анализируют экологические образцы — будь то растения или животные или целые сообщества микробов, собранные в океанах, пресной воде или на суше, — имеют свои собственные системы для отслеживания того, где эти образцы были собраны. Но для более широкого исследовательского сообщества такую ​​информацию было трудно получить и невозможно было всесторонне искать. GeOMe предоставляет решение, постоянно связывая информацию о временном, экологическом, геопространственном и научном контексте образцов с данными генетической последовательности, хранящимися в Национальном центре биотехнологической информации.

Мейер сказал, что он и его коллеги посвятили время и ресурсы разработке GeOMe, потому что они знали, что это будет мощный инструмент для ускорения открытий. Как музейные ученые, они осознают ценность отслеживания и сохранения информации. По словам Мейера, как лидера в сборе и распространении знаний о биоразнообразии, для Национального музея естественной истории важно играть ключевую роль.Разработчики GeOMe, в том числе Эрик Крэндалл из Калифорнийского государственного университета в Монтерей-Бей, Мишель Гейтер из Гавайского института морской биологии и Джон Дек из Музеев естественной истории Беркли, работали над тем, чтобы этот ресурс был прост в использовании и адаптирован для широкий спектр потребностей.

По их словам, благодаря тому, что база данных и инструментарий находятся в свободном доступе для исследовательского сообщества, научные журналы могут требовать, чтобы авторы делали свои метаданные доступными в стандартизированном формате с возможностью поиска, как это уже давно они делали для данных генетических последовательностей.Важно отметить, что данные в GeOMe будут соответствовать стандартам, разработанным Консорциумом геномных стандартов и организацией по стандартам информации о биоразнообразии, что гарантирует, что отправители собирают и записывают одну и ту же важную информацию о каждом образце. Эти стандарты гарантируют, что в будущем исследователи смогут проводить анализ наборов данных.

«[Наши знания] о биоразнообразии записываются через геномные данные, но эти данные мало что значат, если вы не можете поместить их в контекст», — сказал Мейер. «Если мы не начнем внедрять подобный инструмент сейчас, наши данные будут менее полезны на постоянной основе».

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.

Exit mobile version