Ресурс, получивший название База метаданных геномных обсерваторий (GeOMe), был разработан исследователями Смитсоновского национального музея естественной истории и восьми других музеев и исследовательских институтов. Он связывает общедоступные генетические данные с записями о том, где и когда были собраны образцы, обеспечивая контекстную информацию, которая до сих пор отсутствовала в широко распространенных базах данных.
Такая информация имеет решающее значение для сравнения биоразнообразия в разных местах по всему миру и отслеживания его во времени. Но, несмотря на призывы к большему обмену данными в исследовательском сообществе, исследователям до сих пор не хватало инструментов, чтобы сделать эту информацию легкодоступной.Разработчики базы данных, описанной 3 августа в журнале PLOS Biology, заявили, что стандартизация и сохранение этих метаданных значительно повысит ценность данных генетических последовательностей, которые исследователи уже собирают. С помощью GeOMe исследователи смогут находить и получать доступ к генетическим данным, собранным в определенное время и в любой точке мира, что позволит им задавать важные вопросы о структуре и устойчивости жизни на планете.
Например, они могли бы исследовать, как менялись обитатели определенной высоты во всем мире по мере изменения климата планеты.«Отслеживание биоразнообразия посредством глобальных изменений — это совместные усилия», — сказал Кристофер Мейер, зоолог-исследователь из Национального музея естественной истории, который помог руководить разработкой GeOMe. «Мы не можем сделать это в одиночку. GeOMe будет способствовать развитию больших данных и открытий в будущем, позволяя сумме научных усилий намного превосходить отдельные исследовательские продукты».
Ученые, которые анализируют экологические образцы — будь то растения или животные или целые сообщества микробов, собранные в океанах, пресной воде или на суше, — имеют свои собственные системы для отслеживания того, где эти образцы были собраны. Но для более широкого исследовательского сообщества такую информацию было трудно получить и невозможно было всесторонне искать. GeOMe предоставляет решение, постоянно связывая информацию о временном, экологическом, геопространственном и научном контексте образцов с данными генетической последовательности, хранящимися в Национальном центре биотехнологической информации.
Мейер сказал, что он и его коллеги посвятили время и ресурсы разработке GeOMe, потому что они знали, что это будет мощный инструмент для ускорения открытий. Как музейные ученые, они осознают ценность отслеживания и сохранения информации. По словам Мейера, как лидера в сборе и распространении знаний о биоразнообразии, для Национального музея естественной истории важно играть ключевую роль.Разработчики GeOMe, в том числе Эрик Крэндалл из Калифорнийского государственного университета в Монтерей-Бей, Мишель Гейтер из Гавайского института морской биологии и Джон Дек из Музеев естественной истории Беркли, работали над тем, чтобы этот ресурс был прост в использовании и адаптирован для широкий спектр потребностей.
По их словам, благодаря тому, что база данных и инструментарий находятся в свободном доступе для исследовательского сообщества, научные журналы могут требовать, чтобы авторы делали свои метаданные доступными в стандартизированном формате с возможностью поиска, как это уже давно они делали для данных генетических последовательностей.Важно отметить, что данные в GeOMe будут соответствовать стандартам, разработанным Консорциумом геномных стандартов и организацией по стандартам информации о биоразнообразии, что гарантирует, что отправители собирают и записывают одну и ту же важную информацию о каждом образце. Эти стандарты гарантируют, что в будущем исследователи смогут проводить анализ наборов данных.
«[Наши знания] о биоразнообразии записываются через геномные данные, но эти данные мало что значат, если вы не можете поместить их в контекст», — сказал Мейер. «Если мы не начнем внедрять подобный инструмент сейчас, наши данные будут менее полезны на постоянной основе».