С помощью нового метода, получившего название Sailfish в честь знаменитой быстрой рыбы, оценки экспрессии генов, которые раньше занимали много часов, могут быть выполнены за несколько минут с точностью, равной или превосходящей предыдущие методы. Отчет исследователей об их новом методе публикуется в Интернете 20 апреля в журнале Nature Biotechnology.Сейчас существуют гигантские хранилища данных RNA-seq, что позволяет повторно анализировать эксперименты в свете новых открытий. «Но 15 часов на поп-музыку действительно начинают складываться, особенно если вы хотите посмотреть на 100 экспериментов», — сказал Карл Кингсфорд, доцент Центра вычислительной биологии CMU Lane. «С помощью Sailfish мы можем дать исследователям все, что они получили от предыдущих методов, но быстрее».
Хотя генетический состав организма статичен, активность отдельных генов сильно меняется со временем, что делает экспрессию генов важным фактором в понимании того, как работают организмы и что происходит во время болезненных процессов. Активность генов нельзя измерить напрямую, но можно сделать вывод, отслеживая РНК, молекулы, которые несут информацию от генов для производства белков и другой клеточной активности.
RNA-seq — ведущий метод получения этих снимков экспрессии генов; в геномной медицине он оказался особенно полезным при анализе некоторых видов рака.В результате процесса RNA-seq образуются короткие последовательности РНК, называемые «считываниями». В предыдущих методах молекулы РНК, из которых они произошли, могли быть идентифицированы и измерены только путем тщательного сопоставления этих считываний с их исходными положениями в более крупных молекулах.Но Кингсфорд, работая с Робом Патро, докторантом Центра Лейн, и Стивеном М. Маунтом, доцентом факультета клеточной биологии и молекулярной генетики Мэриленда и его Центра биоинформатики и вычислительной биологии, обнаружил, что время: потребляющий шаг отображения может быть исключен.
Вместо этого они обнаружили, что могут распределять части чтения по разным типам молекул РНК, как если бы каждое чтение действовало как несколько голосов за ту или иную молекулу.Без этапа картирования Sailfish может завершить анализ РНК в 20-30 раз быстрее, чем предыдущие методы.По словам Кингсфорда, этот численный подход может быть не таким интуитивным, как карта для биолога, но он имеет смысл для компьютерного ученого.
Более того, метод Sailfish более надежен — лучше переносит ошибки чтения или различия между геномами людей. Эти ошибки могут помешать отображению некоторых операций чтения, объяснил он, но метод Sailfish может использовать все «голоса» чтения РНК, что повышает точность метода.
Меня тут справка 095у Екатеринбург заинтересовала, мне кажется такая информация порадует и заинтересует очень многих. По этому, если вам это интересно, то стоит обязательно посмотреть.