«Инфекция вируса гриппа — это не однородная смесь вирусов, а, скорее, смесь штаммов, которая передается в виде скопления среди населения», — объясняет Элоди Гедин, профессор факультета биологии Нью-Йоркского университета и Колледжа глобальной общественности. Здоровье. «Текущие вакцины нацелены на доминирующие штаммы, потому что именно они, кажется, заражают наибольшее количество людей. Но наши результаты показывают способность второстепенных штаммов ускользать от этих вакцин и распространять вирус неизвестными ранее способами».
Среди других соавторов статьи, опубликованной в журнале Nature Genetics, были: Лео Пун, доцент Гонконгского университета; Тим Сонг, аспирант Медицинской школы Университета Питтсбурга на момент исследования, а в настоящее время — компьютерный биолог в Нью-Йоркском университете; и исследователи из Института Дж. Крейга Вентера, Сиднейского университета и Медицинской школы Икана на горе Синай.Давно известно, что вирус гриппа А отличается высоким уровнем генетического разнообразия.
Однако наши знания во многом основаны на доминирующем штамме, с которым вакцины стремятся бороться. Менее изучено разнообразие второстепенных штаммов и то, как они передаются от человека к человеку, что позволяет выявить способность этих штаммов распространять вирус.
Ученые стремились определить, сколько вирусных частиц передается при заражении гриппом, а также сколько из них может воспроизводиться при передаче.Чтобы изучить этот феномен, Гедин из Центра геномики Нью-Йоркского университета Системная биология и ее коллеги выполнили глубокое секвенирование полного генома мазков из верхней носовой полости, взятых у подтвержденных случаев гриппа в Гонконге в 2009 году и у их семейных контактов.
Используя сложные методы секвенирования, команда смогла не только идентифицировать варианты штаммов гриппа, но и количественно определить, что передается между инфицированными людьми.Их результаты показали, что, как и ожидалось, большинство из них были носителями доминирующего вируса — H1N1 или H3N2. Но, кроме того, все имели второстепенные штаммы и варианты основных и второстепенных штаммов.
Что было удивительно, так это то, насколько легко эти варианты передавались среди исследуемых людей.«Сочетание уникальных данных, подходов к секвенированию и математических методов создают детальную картину передачи разнообразия во время пандемии», — отмечает соавтор исследования Бенджамин Гринбаум, доцент Института рака Тиша в Медицинской школе Икана в Маунт Синай.
«Мы смогли изучить варианты и связать людей на основе этих вариантов», — добавляет Гедин. «Особо выделялось также то, как эти смеси основных и второстепенных штаммов передавались среди населения во время пандемии 2009 года — до такой степени, что второстепенные штаммы стали доминировать».