Традиционный способ идентификации маркеров генов рака состоит в том, чтобы исследовать гены во всем геноме человека один за другим в отношении их индивидуальных экспрессионных различий между больными раком и здоровыми людьми. Такой глубоко укоренившийся метод не может предоставить никакой информации о взаимодействиях между генами и их системных изменениях, составляющих сложный механизм рака.Исследовательская группа предположила, что гены, участвующие в одном и том же механизме, коэкспрессируются (то есть уровни экспрессии пар генов коррелированы), и исследовала парные корреляции между генами, чтобы расшифровать механизм, лежащий в основе рака. Комбинации пар генов увеличиваются геометрически с увеличением количества представляющих интерес генов.
Поскольку геном человека содержит более 20 000 генов, кодирующих белок, анализ коэкспрессии может включать около 0,2 миллиарда возможных пар генов. Более того, статистический тест для анализа коэкспрессии должен быть усовершенствован, чтобы поддерживать надежность результатов обнаружения. Эксперты по биостатистике из Гарвардского университета помогли команде провести крупномасштабное компьютерное моделирование, чтобы установить статистический метод анализа специфичных для рака различий в коэкспрессии. Команда преодолела трудности при обработке массивных данных и выполнила анализ 0,2 миллиарда пар генов за два дня, что невозможно с помощью традиционного метода.
Команда создала беспрецедентную научную основу анализа коэкспрессии, проложив путь в будущее трансляционной медицины.Это исследование обеспечило новую платформу для анализа сети структурной коэкспрессии, которая раскрывает патогенез рака и его потенциальную стратегию лечения, ориентированную на NPM1.
Анализ коэкспрессии обнаруживает новые нерегулируемые паттерны генной сети для понимания биологии рака, определения новых целей для лечения, и все эти инновации вносят вклад в великую науку. Эта платформа может быть легко применена к другим заболеваниям для диагностических, прогностических и терапевтических исследований.
Это открытие будет вскоре опубликовано в научных отчетах издательства Nature, демонстрирующих успех научных исследований в результате междисциплинарного сотрудничества.