Ученые Центра геномной регуляции (CRG) вносят свой вклад в этот проект, предоставляя, обрабатывая и секвенируя образцы из метро Барселоны, а также возглавляя рабочую группу по обработке образцов. Они стандартизировали и улучшили протоколы обработки проб и секвенирования для всех лабораторий, участвующих в этом проекте.Ученые из Центра геномного регулирования (CRG) в Барселоне, Испания, присоединились сегодня к Всемирному дню отбора проб для исследовательского проекта MetaSub. MetaSub — это международный консорциум лабораторий, созданный в 2013 году в Нью-Йорке и возглавляемый доктором Кристофером Э. Мэйсоном из Weill Cornell Medicine, для создания всемирной «ДНК-карты» микробиомов в системах общественного транспорта.
«Объединение ученых из десятков городов по всему миру в рамках настоящей междисциплинарной инициативы делает этот проект уникальным. Мы сможем не только составить карту микробиома городского метро, но и разработать новые стандарты в области метагеномики и оптимизировать методы для всех этапов в этой области. проект: от сбора образцов до визуализации данных посредством выделения и секвенирования ДНК / РНК », — объясняет Стефан Оссовски, руководитель группы Центра геномной регуляции.
Инициатива MetaSub является пионером в беспрецедентном исследовании городских систем общественного транспорта и городов по всему миру.«Мы считаем, что сотрудничество с научно-исследовательскими учреждениями является обязательным. Благодаря проекту Metasub мы углубим наши знания о микробиоме метро, что будет способствовать улучшению передвижения тысяч людей в сети метро Барселоны», — заявляет Эладио де Мигель, директор. качества и окружающей среды в Transports Metropolitans de Barcelona (TMB).Метро: уникальная «экосистема»
Системы общественного транспорта представляют собой уникальные городские биомы, микробиомы и метагеномы. Эти подземные и надземные сооружения распространены повсеместно, а взаимодействие между пассажирами и поверхностями метро определяет, возможно, одну из крупнейших в мире, интенсивно проходимых и универсальных застроенных сред. Кроме того, эти поверхности метро определяют ежедневные поездки десятков миллионов людей каждый день и миллиардов людей каждый год.Микробиом представляет собой важный элемент нашей окружающей среды: бактериальные клетки в нашем теле и на нем превосходят по численности человеческие клетки в соотношении 10: 1, вносят до 36% активных молекул, присутствующих в кровотоке человека, и служат ключевым медиатором человеческое здоровье.
Тем не менее, то, как люди могут взаимодействовать (или приобретать) новые виды бактерий, зависит от окружающей среды, в которой они находятся, типов поверхностей, которых они касаются, и физической динамики их среды. Это особенно верно в плотной застроенной среде, такой как города, где в настоящее время проживает большинство населения мира (54%).Связь геномики, общественного здравоохранения и умных городовДанные, полученные консорциумом, принесут пользу городским планировщикам, должностным лицам здравоохранения и проектировщикам, а также открытию новых видов, биологических систем и кластеров биосинтетических генов (BGC), тем самым открыв эру более количественных, оперативных и " более умные города ".
Сегодня ученые присоединились к Всемирному дню отбора проб в городах, но образцы будут собираться периодически в Барселоне и других городах в течение пяти лет. В связи с этим проектом возникает много новых вопросов, например, как изменяется микробиом в зависимости от погоды, потока людей, чистоты станции или материалов, из которых она изготовлена. Также вопросы, связанные с городом, такие как район, в котором расположена станция, социально-экономический уровень его жителей и т. Д.
Чтобы получить репрезентативные данные, ученые CRG вместе с отделом окружающей среды TMB выбрали набор станций, включая, например, одни из самых старых станций в городе, самые туристические станции или станции, расположенные рядом с больницами. Они также выбрали станции в разных районах, иллюстрирующие разнообразие и мультикультурализм в городе.