«Чтобы понять любую многоклеточную биологическую систему, нам нужно понять ее строительные блоки, ее клетки», — сказал Босилька Ташич, ученый из Института Аллена. «Мозг содержит множество клеток разных форм и размеров, но универсального подхода к их характеристике и классификации не существует. Характеристика РНК в отдельных клетках — это способ классификации клеток, но существующие методы дороги и требуют специального оборудования. Поскольку SPLiT -seq может быть выполнен с использованием базового оборудования в любой лаборатории, это может привести к более широкому внедрению и стандартизации транскриптомики отдельных клеток ».
Ранее разработанные методы секвенирования требуют, чтобы каждая клетка была изолирована до того, как ее РНК будет помечена генетическим штрих-кодом. С SPLiT-seq клетки никогда не изолируются.
Вместо этого клетка используется в качестве изоляционного отсека для собственной РНК. Пулы ячеек разбиты на несколько групп, где к их РНК добавляется штрих-код.
Этот процесс повторяется несколько раз, чтобы дать РНК каждой клетки уникальный комбинаторный штрих-код. Это позволяет исследователям профилировать экспрессию генов многих клеток одновременно и классифицировать их по типам.«В этом проекте мы использовали SPLiT-seq для профилирования более 150 000 клеток в развивающемся головном и спинном мозге мыши, и мы определили много новых молекулярных маркеров для определенного типа клеток», — сказал Георг Силиг, синтетический биолог из Департамента электротехники. Engineering и Школа компьютерных наук и инженерии Пола Г. Аллена Вашингтонского университета. «Наши эксперименты стоят всего пенни за ячейку.
SPLiT-seq значительно снижает барьер для лабораторий, которые хотят проводить профилирование отдельных ячеек, но не могут позволить себе дорогое специализированное оборудование».«Многие заболевания, такие как болезнь Альцгеймера и Паркинсона, начинаются с дисфункции определенных типов клеток», — сказал Ташич. «Понимание того, что это за типы и какие гены пошли наперекосяк, приведет к лучшему пониманию того, как эти заболевания возникают и развиваются, и как их лечить».