Ни один из текущих трех рутинных методов, используемых для обнаружения перегруппировок ALK при НМРЛ, не лишен недостатков, особенно для образцов тканей, которые фиксируются в формалине и залиты парафином. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) — единственный одобренный метод для тестирования ALK, но он не всегда осуществим из-за высокой стоимости, времени, необходимого для тестирования, и потребности в специализированном оборудовании и опыте.
Интерпретация результатов иммуногистохимии (ИГХ) может быть сложной задачей из-за слабой и непостоянной иммунореактивности. Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) очень чувствительна, но требует высококачественной РНК, которую часто трудно получить, и не может обнаружить перегруппировки с неизвестными партнерами.
Новый метод, основанный на количественной (q) ОТ-ПЦР, преодолевает эти проблемы за счет использования чувствительности ОТ-ПЦР и включает в себя две особенности: метод выделения РНК, который был оптимизирован для обратной модификации формальдегида, и небольшие ампликоны ОТ-ПЦР, позволяющие для использования фрагментированных нуклеиновых кислот для эффективной амплификации кДНК ALK.
Новый тест qRT-PCR измеряет экспрессию 5′- и 3′-частей транскрипта ALK по отдельности; он обнаружил несбалансированную экспрессию ALK, указывающую на перестройку гена в 24 (4.6%) из 523 интерпретируемых образцов NSCLC и экспрессия полноразмерного транскрипта ALK в шести опухолях (1.1%). И FISH, и qRT-PCR были проведены на 182 опухолях; qRT-PCR точно типизировал 97% из 19 опухолей с перегруппировкой ALK и 158 опухолей без реаранжировки. Результаты исследования опубликованы в мартовском номере журнала торакальной онкологии (JTO), официального журнала Международной ассоциации по изучению рака легких (IASLC).
«Метод qRT-PCR надежно выявляет опухоли с перегруппировкой ALK независимо от партнера по слиянию, а также идентифицирует опухоли с экспрессией полноразмерного транскрипта гена, который не обнаруживается с помощью FISH, но также может иметь отношение к терапии ингибиторами ALK», — говорит ведущий автор Клаудиа Калла, доктор философии, отделения клинической патологии, Роберт-Бош-Кранкенхаус и доктор. Институт клинической фармакологии Маргарет Фишер-Бош, Штутгарт, Германия. «Этот метод кажется чувствительным, простым в исполнении и высокопроизводительным методом, подходящим для рутинной диагностики активации ALK не только при раке легких, но и при других опухолевых образованиях, где возможны перестройки с альтернативными партнерами слияния или повышающая регуляция транскрипции. преобладающий."