Вот почему трое исследователей начали работать над инструментом биоинформатики. Итак, у Хосе Антонио Родригеса был биологический вопрос; Асьер Фуллаондо, знание инструментов и баз данных биоинформатики; и Горка Прието, навыки программирования. Первоначально эти обладатели докторской степени разработали программное обеспечение (WREGEX, доступное для научного сообщества на сервере UPV / EHU), которое можно использовать для прогнозирования и автоматического поиска « функциональных мотивов » (небольших групп аминокислот, которые создают определенные задачи. в протеине).
Они протестировали программу, чтобы предсказать «мотивы», которые перемещают белок из ядра в цитоплазму клетки, так называемые «сигналы ядерного экспорта». По окончании этого этапа исследования в 2014 году в журнале Bioinformatics была опубликована статья.
Но, как заметил Хосе Антонио Родригес, «в исследовании ответ на один вопрос открывает дверь для большего количества вопросов». В связи с этим возник вопрос: какие белки в последовательности аминокислот могут иметь функциональный «мотив» мутантного рака?
Команда сделала еще один шаг и объединила информацию о последовательностях всех известных белков человека с каталогом COSMIC, в котором собраны мутации, связанные с раком. Так появилась новая версия (WREGEX 2.0), которая позволяет сравнивать нормальный белок с таким же мутантным, чтобы иметь возможность предсказать «функциональные мотивы», которые были модифицированы и которые могут быть связаны с раком. «У вас также может быть опыт в том, как функционирует мотив, и вы хотите узнать, в каких белках он может появиться и видится ли он модифицированным в рак.
С помощью этого программного обеспечения вы можете получить кандидатов для начала изучения», — объяснил Горка Прието.После того, как программа биоинформатики была разработана, ее нужно было протестировать, и для этого они провели «испытание по экспорту клеток». Они снова выбрали различных кандидатов, которые могли бы составлять мотив, ответственный за перемещение белка за пределы ядра клетки. Они проверили их функционируют, и после модификации их в соответствии с опухолевыми мутациями, описанными в каталоге COSMIC, они снова запустили испытание.
Таким образом, они подтвердили, что кандидаты действовали как «сигнал экспорта», что мутация повлияла на способ их работы и что поэтому программное обеспечение было действительным.Таким образом, этот инструмент объединяет три типа информации: последовательности белков, функциональные мотивы и мутации рака. «Одна из основных особенностей WREGEX 2.0 заключается в том, что он может одновременно изучать очень сложные протеомы с массами белков и комбинировать информацию, в случае испытания, с мутациями рака; но есть возможность использовать другие базы данных, содержащие информацию о других Типы мутаций.
Кроме того, преимущество состоит в том, что можно анализировать 40 000 белков в минуту, в то время как с помощью других программ анализ одного белка занимал несколько минут », — пояснил Асьер Фуллаондо. Таким образом, с помощью этого программного обеспечения можно предсказать, что изменение белка может повлиять на развитие болезни, а не только рака.На данный момент этот вычислительный инструмент уже использовался в тринадцати исследованиях. К серверу обратились исследователи из Китая, Японии, Кореи, Германии и США.
Тем временем многопрофильный тандем, сформированный тремя обладателями докторской степени, уже думает о продолжении работы над улучшением инструмента.