«Путем анализа большой общедоступной геномной базы данных мы обнаружили 122 потенциальных драйвера иммунного ответа — генетические области, в которых мутации коррелируют с присутствием или отсутствием иммунных клеток, проникающих в опухоли», — сказал ведущий автор Эдуард Порта-Пардо, доктор философии, постдокторант в SBP. «Хотя некоторые из них соответствуют белкам с известной ролью в иммунном ответе, многие другие предлагают новые направления для исследований в иммунологии рака, которые могут указать на новые цели для иммунотерапии».Иммунотерапия была объявлена поворотным моментом в лечении рака, поскольку с ее помощью можно лечить даже запущенные случаи, распространившиеся на другие органы. Некоторые препараты этого класса в настоящее время широко используются и часто приводят к замечательному успеху, искореняя или значительно уменьшая опухоли и предотвращая рецидивы.
Большинство современных иммунотерапевтических методов основаны на аналогичной стратегии — ослаблении тормозов иммунной системы. Эти методы лечения эффективны, если опухоль распознается иммунной системой как угроза и допускает инфильтрацию иммунных клеток, но некоторые виды рака остаются скрытыми или блокируют проникновение иммунных клеток в опухоль еще неизвестными способами.
«Чтобы разработать иммунотерапевтические методы лечения широкого спектра видов рака, нам нужно знать намного больше о том, как иммунная система взаимодействует с опухолями», — сказал Адам Годзик, доктор философии, профессор и директор Программы биоинформатики и структурной биологии. и старший автор исследования. «Наше исследование дает много новых выводов для этого начинания».«Мы изучаем раковые мутации с точным разрешением, учитывая тот факт, что мутации могут влиять на кодируемый белок по-разному, в зависимости от того, где находится результат изменения», — прокомментировал Порта-Пардо. «Наш алгоритм, domainXplorer, определяет корреляции между фенотипом, в данном случае количеством иммунных клеток в опухоли, и мутациями в отдельных доменах белка — частях белка с различными функциями.
«Эта работа подчеркивает ценность открытых данных», — добавил Годзик. «Поскольку мы могли получить доступ к геномным данным из более чем 5000 образцов опухолей из Атласа генома рака (TCGA), мы могли сразу перейти к анализу, не создавая большой совместной сети для сбора и секвенирования такого количества образцов».«Наш план на следующем этапе этого исследования состоит в том, чтобы использовать этот алгоритм для поиска генетических областей, коррелирующих с уровнями определенных типов иммунных клеток в опухоли, что позволит раскрыть дальнейшие подробности иммунологии рака».